生活污水及屠宰、生物制品、医院、制革、洗毛等工业废水中常含有这些能传染各种疾病的致病微生物。消毒杀菌的方法有氯、二氧化氯、臭氧等氧化法、紫外线照射等，另外超滤处理也可以除去水中大部分的细菌。对致病病原体较为集中和含量较大的污水好进行单独消毒处理，然后再和其他污水一起进行二级生化处理，这样可以减少消毒剂的消耗量。污水处理后排放和回用前通常需要进行消毒处理，需'要监控的微生物指标是细菌总数和大肠菌群数。
1.细菌总数
细菌总数是指lmL水样在营养琼脂培养基中，经37T、24h培养后所生长的菌落数。计量单位是每mL水中所含有的总菌数，这是一种测定水中好氧和兼性厌氧的异养菌密度的方法。
(1)测定细菌总数的注意事项
每个水样必须做两个平行样，另外每次检验还要做只倾注营养琼脂培养基的空白对照。培养之后，应立即进行平皿菌落计数。如果计数必须暂缓进行，可将平皿存放于5~ [#]01的环境下，但不能超过24h，而且也不可以将这种做法当做常规的操作方式。
对平皿菌落计数时，可用肉眼观察，为防止遗漏，必要时应用放大镜检查。对那些看来相似、距离相近但并不相触的菌落，只要其距离小于小菌落的直径，就应当分别予以计数。对那些紧密接触但外观(形态或颜色)有差异的菌落也要分别予以计数。
在求同一稀释度的平均菌落数时，如果其中一个平皿有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无片状菌落生长的平皿作为该稀释度的菌落数。如果片状菌落不到平皿的一半、而其余部分菌落的分布又很均匀时，则可以将生长均匀的1/2平皿菌落计数后乘以2代表全皿菌落数。
细菌总数的测定结果是以每个平皿菌落总数或同一稀释度平行实验平皿的平均菌落数乘以稀释倍数。当终结果在100以内时按实际菌落数记录结果；大于100时，采用两位有效数字，用 [#]0的指数来表示，如果菌落数无法计数，在报告结罘时要注明稀释倍数。
(2)根据菌落计数结果计算水样的细菌总数的方法
计算细菌总数的化验结果时，需要根据不同稀释度的平均菌落数进行比较和计算，其方法如下：
①首先选择平均菌落数在30>300之间的情况进行计算，当只用一个稀释度的平均菌落数符合此范围时，即以该平均菌落数乘其稀释倍数作为检验水样细菌总数的结果。
②如果有两个稀释度的平均菌落数在30~ [#]00之间，应当按二者的比值来决定计算方法。如果比值小于2,则以各自的平均菌落数乘以各自的稀释倍数后的平均值作为检验水样细菌总数的结果；比值大于2，则以其中平均菌落数乘以其稀释倍数后的较小者作为检验水样细菌总数的结果。
③如果所有稀释度的平均菌落数均大于300,则应当按稀释倍数大的平均菌落数乘以其稀释倍数作为检验水样细菌总数的结果。
④如果所有稀释度的平均菌落数均小于30，则应当按稀释倍数小的平均菌落数乘以其稀释倍数作为检验水样细菌总数的结果。
⑤如果所有稀释度的平均菌落数均不在30~ [#]00之间，则应当以接近30或300的平均菌落数乘以其稀释倍数作为检验水样细菌总数的结果。
2.大肠菌群数(值）
大肠菌群细菌是肠道好氧菌中普遍和数W:多的一类细菌，所以常将其作为粪便污染的指示菌。人体饮用或接触大肠直群数超标的水，就可能引起肠道传染疾病。大肠菌群细菌是指-类好氧或兼性厌氧、能发酵乳糖、革兰氏染色阴性、无芽孢的护菌，因此有时也称粪大肠菌群或大肠杆菌，大肠菌群细菌在乳糖培养基中经37尤、24h培养后，能产酸产气。大肠菌群数(值）-般以1L或lOOmL水中含有的大肠菌群数量为计量单位，常用测定方法有多管发酵法和滤膜法两种。
多管发酵法是根据大肠菌群细菌能发酵乳糖、革兰氏染色阴性、无芽孢、呈杆状等有关特性，通过三个步骤进行检验，来确定水样中的总大肠菌群数。多管发酵法以可能数MPN来表示实验结果，是根据统计学理论估计水体中大肠杆菌密度和卫生质量的一种方法，这种估计有大于实际数字的倾向。对于大肠菌群数含量的估计值，决定于那些既显示阳性又显示阴性的稀释度，在实际设计水样检验所要求重复的数目时，要根据所要求数据的准确度而定。
滤膜法是用特制的灭菌微孔薄膜过滤水样，细菌被截留在膜上后，将薄膜贴在品红亚硫酸钠培养基上进行培养。因为大肠菌群细菌可发酵乳糖，在滤膜上培养培养后会出现紫红色具有金属光泽的菌落，计数滤膜上出现的具有此特征的菌落数，即可计算出每L水样中含有的大肠菌群数。滤膜法可测定的水样体积较大，能比多管发酵法更快地获得结果，但测定浊度高、非大肠杆菌类细菌密度大时，效果较差。
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