主要有三个指标。
(1)总大肠菌群指每升水样中所含有的大肠菌群的数目，以个/L计。大肠菌群数表明污水被粪便污染的程度。间接表明有肠道病菌存在的可能性。
(2)病毒大肠菌群数可以表明肠道病菌的存在，但不能表明是否污水中有病毒。因此，还需检验病毒指标。病毒一般用噬菌体来表示数量。
(3)菌落总数菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。因此，菌落总数可代表样品中的细菌数量。水中菌落总数反映了水体受细菌污染的程度，菌落总数不能说明污染的来源，必须结合大肠菌群数来判断水体污染的来源和安全程度。
污水中微生物量因污水性质不同变化较大，对于生活污水，细菌数在105～106个/mL之间，呈游离或团块状；病毒为200～700个/L;此外还有一些寄生虫卵。处理前后微生物数量的变化是评价水质净化度的指标之一，部分生活污水处理厂以及所有医院污水处理系统排放的出水还应予以消毒，以杀灭处理后残存的病原微
生物。
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