产甲烷菌、发酵细菌、产氢产乙酸菌和同型产乙酸菌等是厌氧生物处理的主要微
生物。
产甲烷菌是一个特殊的专门的生理群，形态多样，具有特殊的细胞成分和产能代谢功能，可代谢氢气、二氧化碳及少数几种简单有机物生成甲烷，是一种严格厌氧的古细菌。
发酵细菌主要是专性厌氧细菌，是一个非常复杂的混合细菌群，包括梭菌属、丁酸弧菌属和真细菌属等。
产氢产乙酸菌主要为产甲烷菌提供乙酸和氢气，能促进产甲烷菌的生长。产甲烷菌能利用氢气从而降低环境中的氢气分压，恰好有利于产氢产乙酸菌的生长，因而两者之间存在共生现象。
同型产乙酸细菌是一类属于混合营养型厌氧细菌的菌群，能利用有机质或者氢气和二氧化碳产生乙酸。
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