膜污染是指被处理液体中的微粒、胶体粒子、有机物和微生物等大分子溶质与膜表面产生物理化學作用或机械作用而引起膜表面或膜孔内吸附、沉淀使膜孔变小堵塞，导致膜的透水量或分离能力下降的现象。
通常需要对超滤膜进行清洗来解决膜污染问题。超滤膜的清洗方法分为物理法和化学法。
(1)物理法清洗超滤膜
物理清洗法：在这方面用得多的就是水力冲洗法。它又可因水力冲洗方向的不同，分为等压冲洗法和压差冲洗法（或叫反冲洗法）。实践表面，反冲洗法由于能把膜表面被微粒堵塞的微孔冲开，并能有效地破坏凝胶层的结构，所以对恢复膜的透水通量往往比等压冲洗有效。并且冲洗用的水，完全可以利用超滤生产的产品水。这样既可避免污染膜表面，又比较经济。此外，在用管式超滤膜的情况下，可采用直径稍大于管径的软质海绵小球，在水力驱动下擦洗管壁膜表面，也能取得满意的效果。
(2)化学法清洗超滤膜
化学清洗法：通常所采用的化学清洗剂，按其作用性质的不同，可分为酸性清洗剂，碱性清洗剂，氧化还原清洗剂和生物酶清洗剂四类。
酸性清洗剂常用的有0.lmol/L盐酸溶液、0.Imol/L草酸溶液、1%～3%柠檬酸、柠檬酸胺、EDTA等。这类清洗剂在去除钙离子、镁离子、氟离子等金属离子及其氢氧化物、无机盐凝胶层时是较为有效的。
碱性清洗剂主要是0.1%～0.5%的NaOH水溶液。它对去除蛋白质、油脂类的污染具有良好的效果。
氧化性靖洗剂如1%～1.5%双氧水、0.5%～1%NaCIO、0.05%～0.1%叠氮酸钠等，对去有机物质的污染有显著效果。
生物酶制剂如1%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，对去除蛋白质、多糖、油脂类的污染是有效的。对去除有机物污染也有一定效果。应用酶清洗剂时，如能在55～60°C下清洗效果更佳。清洗时间的长短与酶浓度的高低有关。
针对超滤膜使用中出现一些污染问题，需要对污染物进行正确的化学分析，选择佳的清洗剂及清洗方法。另外超滤膜在特定条件下采用化学清洗方法虽是必要，但使用时须慎重。清洗不应使化学清洗剂破坏膜的分离性能；不应使污染物发生变形，加重膜的污染；不应破坏污染物的胶体性质，使它变硬僵化。在食品工业、医药工业生产中，不能让清洗剂的残留物影响产品质量等。
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