电渗析脱盐过程中因为电极反应、浓差极化、浓水室过饱和等原因，不可避免地产生污垢，如Ca(OH)2、Mg(OH)2、CaC03、MgC03、CaS04。同时，天然水中的腐殖酸盐、木质素、藻酸盐等容易在阴膜上形成污染层，水中的其他游离
悬浮物也易产生污染物。上述污垢及污染物即形成了电渗析膜垢。
定期倒换电极极性，水中加酸，控制操作电流密度可以防止膜垢的形成。
当电參析处理原水硬度较大时，上述方法并不能防止污染物的形成，沉淀会越来越多，甚至会形成水垢，污染物和水垢达到一定量时，会严重影响电渗析设备的运行。此时需要对膜裙进行清洗。通常可以用质量分数1%～2%的盐酸进行循环清洗。盐酸可以溶解酸溶性物质，而且能够去除部分有机物和使水垢变得疏松，便于冲去硫酸钙和污染物。近年来，研究人员采用氢氧化钠进行清洗、磁化处理除垢，也取得了良好的效果。
如果酸洗不能使电渗析设备性能复原，一般要将电渗析设备拆开，取出膜、隔板、电极等进行机械洗涮和化学酸洗，进行拆槽清洗非常麻烦，一般不常用。
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